Il barocco fu introdotto a Praga nella prima metà del XVII sec. Siamo nel periodo della Controriforma., Ferdinando II d Asburgo ha sconfitto i ribelli nella battaglia della Montagna bianca (1620), dietro la collina di Petrin, e ha costretto i nobili e gli intellettuali anticattolici alla fuga, elargendo i loro beni aifedeli dell'imperatore. La cultura ceca viene soggiogata, la chiesa trionfante occupa gli edifici sacri dei protestanti rivestendoli nello stile barocco, segno del nuovo potere. Così la chiesa dei luterani, Santa Trinità, a Mala Strana, viene assegnata nel 1624 ai carmelitani scalzi che, una volta barocizzata, la consacrano a Santa Maria delle Vittorie, protettrice degli Asburgo nella guerra.
Peggior sorte tocca a interi quartieri distrutti per far posto ai palazzi degli usurpatori e delle congreghe monastiche. Esempi ne sono il Palazzo Wallenstein nel cuore di Mala Strana, e il collegio Klementinum ai bordi della Città Vecchia. Ma, a poco a poco, la tensione si allenta e il barocco finisceper integrarsi con la cultura boema ricattolicizzata. Ed è col tardo barocco, con i palazzi di Mala Strana, con le statue del ponte Carlo che questo stile diviene la componente dominante del panorama di Praga.
Ciò nonostante la spiritualità barocca in Boemia resta tenacemente legata al ritmo ascensionale gotico, tanto che vari studiosi parlano a proposito di "Gotico del Barocco boemo "